Ο Πανναξιακός Α.Ο. ιδρύθηκε το 1960 στη Χώρα της Νάξου. Δημιουργήθηκε από τη συγχώνευση δύο άλλων ομάδων, του Απόλλων Νάξου και του Ολυμπιακού Νάξου. Τα χρώματά του είναι κυανόλευκα (μπλε – άσπρο) και το κίτρινο. Στο έμβλημά του δεσπόζει η ‘’ιστορική’’ Πορτάρα της Νάξου. Η Πορτάρα της Νάξου, το πιο τουριστικό και πολυδιαφημιζόμενο σημείο του νησιού, είναι η είσοδος της πύλης του ανολοκλήρωτου θεού του Απόλλωνα στην περιοχή Παλάτια, και ατενίζει αγέρωχη την ιστορική Δήλο. Έδρα του Πανναξιακού αποτελεί το Δημοτικό Στάδιο Νάξου, το οποίο βρίσκεται στη Χώρα του νησιού, και είναι στρωμένο με χλοοτάπητα από το 2011. Το Δημοτικό Στάδιο Νάξου είναι χωρητικότητας 1500 περίπου θέσεων.

Εξ αιτίας του κόστους των μετακινήσεων, ενώ ο Πανναξιακός ανήκε μέχρι το 1980 στην ΕΠΣ Πειραιώς, δεν μπορούσε να συμμετέχει στα πρωταθλήματά της. Περιοριζόταν για χρόνια στα τοπικά πρωταθλήματα του νησιού και έδινε κάποια φιλικά με ομάδες γειτονικών νησιών. Από το 1980 και μετά που ιδρύθηκε η ΕΠΣ Κυκλάδων, ο Πανναξιακός πρωταγωνιστεί στα πρωταθλήματά της.
Ο Πανναξιακός έχει αναδειχθεί επτά φορές πρωταθλητής Κυκλάδων, το 1983, το 1993, το 1999, το 2003, το 2011, το 2015 και το 2020. Έχει επίσης κατακτήσει έξι φορές το Κύπελλο Κυκλάδων, το 1987, το 2004, το 2007, το 2012, το 2013 και το 2015, ενώ έχει συμμετάσχει συνολικά σε δεκαεννιά τελικούς. Έχει αγωνιστεί έντεκα σεζόν στο πρωτάθλημα της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας και δύο σ’ αυτό της Γ’ Εθνικής, όντας ο ιστορικότερος εκπρόσωπος των Κυκλάδων στις Εθνικές Κατηγορίες.

Από τον Πανναξιακό ξεκίνησαν ποδοσφαιριστές που πραγματοποίησαν μετέπειτα αξιόλογη καριέρα σε ανώτερες κατηγορίες, όπως ο Κώστας Μανωλάς, ο Βασίλης Ρόβας, ο Αντώνης Πιτταράς, ο Γιάννης Κωστόπουλος, και ο Μανώλης Πολυκρέτης. Ο παλαίμαχος ποδοσφαιριστής του Πανιωνίου Νόνι Λίμα, με μεγάλη καριέρα στην Α΄ Εθνική Κατηγορία, διετέλεσε με επιτυχία δύο χρονιές προπονητής του συλλόγου.
Πρόεδρος του Πανναξιακού είναι ο Γιάννης Πολυχρονάκος και προπονητής του ο έμπειρος Γιώργος Προμπονάς. Στόχος της ομάδας της Νάξου και για τη φετινή χρονιά είναι, αν μη τι άλλο, η κατάκτηση του πρωταθλήματος.

Το ρόστερ του Πανναξιακού Α.Ο. είναι το εξής:

Τερματοφύλακες: Λουλάι Μάνος, Λουλάι Μάρκος, Ποθητός Αντώνης

Αμυντικοί: Παπαματθαίου Νίκος, Φράγκου Ερρίκος, Κουλουρής Σπύρος, Κοττάκης Μανώλης, Καράι Βασίλης, Καφετζής Αλέξανδρος, Κωστόπουλος Γιάννης, Γιαννούλης Γιάννης, Ραπτόπουλος Αντώνιος

Μέσοι: Σέμε Κρισίλντι, Φράγκου Νίκος, Τσουρής Βασίλης, Δεμερτζής Χάρης, Πιτταράς Τόνι, Γκαστόν Χοσέ, Γιαννής Χρήστος, Λίκα Δημήτρης, Κριμιτζάς Δημήτρης, Γούφας Κώστας, Βαθρακοκοίλης Γιώργος, Αδελφουλάκος Γιάννης

Επιθετικοί: Ντάσσιος Γιάννης, Γιαννακόπουλος Κώστας, Ευρυπιώτης Μιχάλης, Πίντο Οσβάλντο, Καρβούνης Γιώργος, Φραγκίσκος Δμήτρης