Το πρωτάθλημα θα διεξαχθεί σε δυο φάσεις. Πρώτη φάση η κανονική περίοδος με 18 αγωνιστικές και δεύτερη φάση τα πλέι οφ και πλέι άουτ.
Στα πλέι οφ θα αγωνιστούν οι ομάδες που κατέλαβαν τις θέσεις 1-4 σε κάθε όμιλο με αγώνες εντός και εκτός έδρας των έξι αγωνιστικών –διατηρώντας τη βαθμολογία της κανονικής διάρκειας. Οι δυο πρώτοι από κάθε όμιλο (σύνολο τέσσερις) προβιβάζονται στην Super League 2.
Αντίστοιχα οι ομάδες που θα καταλάβουν τις θέσεις 5-10 θα αγωνιστούν σε πλέι άουτ με εντός και εκτός έδρας αγώνες σε δέκα αγωνιστικές –επίσης διατηρώντας τη βαθμολογία της κανονικής διάρκειας. Οι ομάδες που θα τερματίσουν στις 9η και 10η θέση κάθε ομίλου (σύνολο τέσσερις) θα υποβιβαστούν στην Γ Εθνική κατηγορία.
Ο όμιλος της Σαντορίνης 2020:
1. Αιγάλεω
2. Αστέρας Βλαχιώτη
3. Ενωση Πανασπροπυργιακού
4. Επισκοπή
5. Ιάλυσος
6. Καλαμάτα
7. Καλλιθέα
8. Νίκη Βόλου
9. Ρόδος
10. ΠΑΕ Σαντορίνη
Οι αγώνες του ΑΣ Σαντορίνης:
1η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Καλαμάτα
2η αγωνιστική
ΠΑΕ Καλλιθέα-ΠΑΕ Σαντορίνης
3η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Αιγάλεω
4η αγωνιστική
ΠΑΕ Ιάλυσος-ΠΑΕ Σαντορίνης
5η αγωνιστική
ΠΑΕ Νίκη Βόλου-ΠΑΕ Σαντορίνης
6η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Ασπρόπυργος
7η αγωνιστική
ΠΑΕ Επισκοπή-ΠΑΕ Σαντορίνης
8η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνη-ΠΑΕ Ρόδος
9η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Αστέρα Βλαχιώτη
10η αγωνιστική
ΠΑΕ Καλαμάτα-ΠΑΕ Σαντορίνης
11η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Καλλιθέας
12η αγωνιστική
ΠΑΕ Αιγάλεω-ΠΑΕ Σαντορίνης
13η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Ιάλυσος
14η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Νίκη Βόλου
15η αγωνιστική
ΠΑΕ Ασπρόπυργος-ΠΑΕ Σαντορίνης
16η αγωνιστική
ΠΑΕ Σαντορίνης-ΠΑΕ Επισκοπής
17η αγωνιστική
ΠΑΕ Ρόδος-ΠΑΕ Σαντορίνης
18η αγωνιστική
ΠΑΕ Αστέρα Βλαχιώτη-ΠΑΕ Σαντορίνης
Αναλυτικά οι αποφάσεις
Αποφασίστηκε ομόφωνα η έναρξη του Πρωταθλήματος της Super League 2 στις 7 Νοεμβρίου 2020.
Εγκρίθηκε η προκήρυξη του Πρωταθλήματος της Football League, το οποίο θα διεξαχθεί σε δυο ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια. Προκειμένου να χωριστούν ισάριθμα οι ομάδες, πραγματοποιήθηκε κλήρωση ανάμεσα στις δυο ομάδες του Βόλου και έτσι προέκυψαν:
ΒΟΡΕΙΟΣ ΟΜΙΛΟΣ
- ΑΕΠ Κοζάνης
- Αλμωπός Αριδαίας
- Απόλλων Ποντου
- ΝΠΣ Βέροια
- Θεσπρωτός Ηγουμενίτσας
- Καβάλα
- Ολυμπιακός Βόλου
- Πανσερραϊκός
- Πιερικός
- Τρίγλια