Έκανε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα σε μια τοπική ομάδα των Τρικάλων, τη Θύελλα Μεγαλοχωρίου. Από τη θεσσαλική ομάδα αποχώρησε την περίοδο 1996-97 όταν και υπέγραψε στον Παναθηναϊκό, εντασσόμενος αρχικά στην ακαδημία του αθηναϊκού συλλόγου.

Ακολούθησαν δύο χρονιές δανεισμού στον Άγιο Νικόλαο στη Β' Εθνική για να επιστρέψει στον Παναθηναϊκό και να παραμείνει, μέχρι τον Ιανουάριο του 2005, όταν και αποκτήθηκε από τους Ρέιντζερς Γλασκώβης.

Την περίοδο 2006-07 αποχώρησε από τον σκωτσέζικο σύλλογο για να συνεχίσει την καριέρα του στη γερμανική Άιντραχτ Φρανκφούρτης.

Την Παρασκευή 1 Αυγούστου 2008 η ΑΕΚ ανακοίνωσε την απόκτηση του διεθνούς αμυντικού για τα επόμενα 5 χρόνια, όμως έναν χρόνο μετά, τον Αύγουστο του 2009, ο Σωτήρης Κυργιάκος υπέγραψε στην αγγλική Λίβερπουλ, έναντι τριών εκατομμυρίων ευρώ.

Επόμενος σταθμός στην καριέρα του έγινε στις 22/8/2011 η γερμανική ΦφΛ Βόλφσμπουργκ, από την οποία τον Φεβρουάριο του 2012 παραχωρήθηκε δανεικός στην αγγλική Σάντερλαντ.

Την 1η Μαρτίου 2014 ανακοινώθηκε η συμφωνία του με την Σίδνεϊ Ολίμπικ, με την οποία είχε δύο συμμετοχές.

Στις εθνικές ομάδες

Το ντεμπούτο του με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε στις 13 Φεβρουαρίου 2002 στον εκτός έδρας φιλικό αγώνα εναντίον της Σουηδίας, ενώ το πρώτο του τέρμα με τη γαλανόλευκη φανέλα το σημείωσε έναν χρόνο αργότερα εναντίον της Νορβηγίας.

Παρά το γεγονός ότι συμμετείχε στα προκριματικά του Euro 2004, δεν ήταν στην αποστολή που ταξίδεψε στα τελικά της διοργάνωσης στην Πορτογαλία, καθώς προερχόταν από πολύμηνη απουσία λόγω τραυματισμού.

Με το ελληνικό αντιπροσωπευτικό συγκρότημα συμμετείχε ωστόσο στο Κύπελλο Συνομοσπονδιών 2005 της Γερμανίας, στο Euro 2008 που διεξήχθη σε Αυστρία και Ελβετία, καθώς και στο Μουντιάλ 2010 στη Νότια Αφρική.

Τον Αύγουστο του 2010 ανακοίνωσε στον ομοσπονδιακό προπονητή Φερνάντο Σάντος την απόφασή του να αποχωρήσει από την εθνική ομάδα, στην οποία την περίοδο 2002-2010 κατέγραψε συνολικά 61 συμμετοχές, έχοντας επιτύχει και 4 τέρματα.

-